凈化車間為保證系統的正常運行，節約能量，并防止室內不同房間之間的相互污染，凈化空調系統劃分時，應綜合考慮，分別設置獨立的凈化空調系統。層流凈化空調系統與亂流凈化空調系統；具有初效過濾器、中效過濾器和高效過濾器的高效凈化空調系統與只有粗效過濾器和中效過濾器的中效凈化空調系統；回風溫、濕度很高的凈化空調系統與回風溫、濕度較低的凈化車間空調系統；運行班次與使用時間不同的凈化空調系統；集中式凈化空調系統一般不宜過大，面積大的車間，應采用幾個凈化空調系統。

        在凈化車間的空調系統劃分以后，需要針對一個具體的系統，進行設計，要注意當工藝無特殊要求時，在保證新風量、排風量及凈化車間正壓的條件下，凈化空調系統應盡量利用回風，當工藝不允許利用回風或工藝過程產生的有害物利用局部排風不能完全排除時，才利用直流式凈化空調系統。

        凈化車間空調系統的新風入口，一般是彼此獨立的，當凈化車間面積較大，采用幾個空調系統時，新風可經集中熱、濕處理后送到各個空調系統；空調系統一般不宜設置消聲器，應盡量采用其他綜合措施以滿足潔凈車間對消聲的要求，當必須采用消聲器時，應選用不宜積塵和產塵的結構形式和消聲材料，如微穿孔板消聲器或微穿孔板復合消聲器；潔凈度為100級、1000級和1萬級的凈化車間不應采用散熱器采暖，10萬級潔凈車間也不易采用散熱器采暖；凈化車間一般可不設值班風機，當凈化空調系統停止運行后對產品的影響，而工藝又不能采取局部處理措施時，可設值班風機；散熱器應采用表面光滑、不易集塵、便于清掃的形式。